佛经里说，无间是八大地狱之中最痛苦的一个。两个身份都本不该属于自己的人，他们如同生活在一个类似无间地狱中，做梦都怕别人拆穿自己的身份。这个世界里，角色的茫然成了探讨的根源：到底什么才是生活的道理、做人的道理？无间地狱没有轮回，只有永远受苦，但片中两位主角却不甘于此。
　　两个身份混乱的男人，他们分别为警方和黑社会的卧底。现在他们决心要离开这个不辨是非的处境，离开无间地狱，寻回自己。刘健明(刘德华饰)是香港黑帮三合会的会员，10多年前，他听从老大韩琛(曾志伟饰)的吩咐，加入了香港警察，做黑社会卧底。在韩琛的帮助下，健明在七年后有望晋升为见习督察，这官可不小！陈永仁(梁朝伟饰)本来想当个好警察，但被警察训练学校强行退学，秘密执行渗透进三和会的卧底工作。现在已经是帮会里的红人了，而他的老大恰恰就是韩琛。一宗毒品交易，黑白两道的行动均告失败。暴漏了双方都有卧底潜伏的事实，陈永仁和刘健明都将面临生死考验。
　　1991年，18岁的三合会会员刘建明（刘德华饰）听从大哥韩琛（曾志伟饰）的指示进入警校学习，想得到机会来做警方的卧底，但没想到在最后被选中的是另一个学生名叫陈永仁（梁朝伟饰），表面上是将其强迫退学，实际上则是让他进入三合会当卧底。刘建明从警校毕业后顺利的进入警局，并且职位步步高升，已成为刑事情报科A队的一员，在此期间他利用各种机会为韩琛提供了大量的情报。而陈永仁在这些年以来已经得到了韩琛的初步信任，但由于韩琛的案件始终没有破，他永远只能呆在黑帮，只有黄警督（黄秋生饰）与他单线联系。2002年的一个晚上，根据陈永仁卧底情报，获知一批毒品即将交易，而交易的一方为韩琛，但由于当时刘建明及时将消息传给了韩琛使其成功逃脱，不过因此双方发现各自的内部具有“内鬼”，于是一场激烈的角斗由此展开。在最后的结局中，双方“内鬼”都认出了自己的身份，不过刘建明抢先一步，早已将陈永仁的彻底档案删除，使其永远也无法恢复身份，而最后陈永仁也死在了刘建明的枪下。