伦敦肯辛顿区的高级寓所内，一只上流社会的宠物鼠罗迪（休.杰克曼 配音）正过着养尊处优的生活，主人一家出游度假了，小鼠当家的罗迪别提多自在惬意了。可是，好景不长，家中突然来了不速之客——住在下水道、生性粗鲁好动的邋遢鼠希德（谢恩.里奇 配音）因为水管破裂，无意间从罗迪家的洗碗槽喷了出来。初到高级公寓的希德就觉得仿佛进了天堂乐园，这里有吃不完的食物和超大宽屏幕电视可以看精彩的足球世界杯冠军争霸赛，于是便赖着不走，罗迪想方设法把希德诱骗到他所谓的“按摩浴缸”，其实就是马桶，没想到邋遢的希德笨归笨，但并不傻，反而是罗迪聪明反被聪明误，一不小心就被冲下马桶，希德大摇大摆地取代了罗迪的位置，过起了像暴发户一样的奢靡生活。 　　当罗迪不幸被冲下马桶之后，这才惊觉原来在伦敦街道的地底下，竟然存在着一个热闹非凡、惊奇美妙的鼠国世界，在这里，罗迪认识了丽塔（凯特.温斯莱特 配音），一只划着船、专门收集垃圾、啥也不怕的女强鼠。丽塔的个性和罗迪南辕北辙，她始终相信要活在当下，而且冒险才是快乐生活的意义所在，她来自一个大家庭，她才十个月大时，她老妈就生了 37 个小孩，丽塔一直和老爸一起打拼工作，驾驶他们家的“詹米道奇号”小船专门搜集垃圾，而当老爸因工意外受伤后，丽塔就扛起了养家糊口的重担。 　　住在伦敦下水道最底层、无恶不作的透德（伊恩.麦克兰 配音）正酝酿着颠覆整个鼠国的阴谋，他是一只傲慢自大、打扮时髦、拥有贵族血统的癞蛤蟆，他最感到自豪的一点就是他曾经是查尔斯王子最心爱的宠物，只是很不幸他的地位被一只宠物鼠所取代，更惨的是，有一天一名王宫的仆役趁查尔斯王子不注意的时候把这只心高气傲的癞蛤蟆冲下了马桶，从此他就痛恨所有的鼠类动物。仇恨满腔的透德为了向所有老鼠报仇，便想出一个超级邪恶的计划，那就是把下水道的老鼠全都用大水冲到海里，然后让不计其数的蝌蚪在下水道中繁殖。 　　宠物鼠出身的罗迪马上成为了透德意欲拔之而后快的第一颗眼中钉，透德派出了一对儿打手斯派克（安迪.瑟基斯 配音）和怀迪（比尔.奈伊 配音）追杀罗迪和丽塔，但这两位打手实在够糗：斯派克自封为头号打手，但他其实是个还跟老妈住在一起赖家王老五；怀迪则是一只当过实验鼠的白老鼠，因在实验室用了太多洗发精，所以脑子不太灵光。笨手笨脚的两位打手虽然努力装成冷血无情的职业杀手，但始终未能完成追杀的任务。最后，透德只好使出了王牌，让自己的远房表亲——令老鼠闻风丧胆的杀手级青蛙拉斐格（让.雷诺 配音）加入了追杀的行列，拉斐格才是货真价实的职业杀手，只要价钱谈拢，他和他的手下绝对会毫不留情地大开杀戒，不过麻烦的是他们一定要先慢慢享用正式的法国午餐后才会开工，而且拉斐格既讨厌又瞧不起这位英国表亲，觉得他这么痛恨鼠辈实在是很不值得…… 　　就这样，在一次次躲闪追杀的亡命途中，宠物鼠罗迪渐渐变得更有冒险精神，甚至从自信乐观的女强鼠丽塔身上，明白了家庭和朋友的重要性，同时也领悟到老鼠像人类一样不是一座孤岛，团结就是力量。