故事发生在战国时代。出生于普通忍者家庭的猪名寺乱太郎为不负父母的厚望成为精英忍者而进入学忍术学校。在那里认识了富商的儿子福富しんべヱ和战争中丧失父母的摂津のきり丸，并成为好友，组成了“三人组”。忍术学校的目的是培养小忍者。在忍术学校里有不同学科的教授，性格各异的老师，高年级的天才忍者，女忍者，还有忍犬ヘムヘム，古怪的校长大川平次涡正，非常之热闹！乱太郎们三人组在上课和考试中常常失败，并且总是在问为什么，但他们仍坚持着并立志成为一流的出色忍者。忍术学校的校长的变幻无常，总是作出奇奇怪怪的决定，因而发生了许多有趣的故事，乱太郎等也常卷入各种各样的事件。小忍者们充满正义感，面对任何困难都努力解决。 嘿姆嘿姆，嘿姆嘿姆,我是嘿姆嘿姆。 其实乱太郎没有什么，倒是阿丸爱钱如命挺有意思的。新兵卫，我来给你擦鼻涕吧……那个女学生叫什么来着？ 还有校长，爱签名；哦，还有食堂大娘——不许剩饭！！！